Le Conseil exécutif (CE) de la FMEQ est l'instance qui est responsable de voir à la gestion courante et à l'exécution des mandats qui lui sont confiés par les différentes instances de la Fédération. Il exécute les orientations adoptées par le Congrès, le Conseil général et le Conseil d'administration, et a la responsabilité de proposer des stratégies d'action pour y parvenir. Le Conseil exécutif est composé de neuf officiers élus lors des élections du Congrès annuel parmi l'ensemble des étudiants en médecine du Québec. Le CE est le représentant officiel de l'ensemble des membres de la FMEQ.
Le Conseil exécutif 2011-2012 de la FMEQ est composé de:
Président : Eric Peters
Le président est le porte-parole officiel de la Fédération. Il préside les réunions du Conseil exécutif et du Conseil d'administration et coordonne les activités des officiers de la FMEQ.
Vice-président : Marc-Antoine Marquis
En plus de supporter le président dans l'exécution de ses tâches, le vice-président de la FMEQ voit à assurer la présence médiatique de la Fédération et à gérer ses communications externes. Il a aussi comme mandat d'entretenir les relations avec les associations étudiantes et médicales du Canada.
Secrétaire Générale : Claude St-Pierre
La secrétaire générale de la FMEQ est responsable d'orchestrer le fonctionnement quotidien de la Fédération en convoquant et consignant ses réunions, en mettant à jour ses archives et en organisant ses élections annuelles. La secrétaire doit aussi veiller à l'application des Règlements généraux.
Déléguée aux finances et ressources humaines : Marianne Filion
La déléguée aux finances et aux ressources humaines a principalement pour tâche la gestion de l'ensemble des aspects financiers et humains de la FMEQ, soit la production et le respect du budget, la tenue des livres comptables et la gestion des salariés de la Fédération.
Délégué aux affaires politiques : Jean-François Verville
Le délégué aux affaires politiques de la FMEQ assure la représentation politique des étudiants en médecine auprès du gouvernement du Québec et ses ministères, ainsi qu'auprès des fédérations médicales de la province (la FMOQ, la FMSQ et la FMRQ). Il est chargé aussi du dossier des admissions au doctorat en médecine et aux programmes de résidence.
Déléguée aux affaires pédagogiques : Valérie Martel
La déléguée aux affaires pédagogiques de la Fédération coordonne l'ensemble des actions touchant la question du bien-être des étudiants en médecine. Elle représente aussi les étudiants sur des dossiers d'ordre pédagogique en siégeant sur des comités du Collège des médecins du Québec et du Comité d'agrément des facultés de médecine du Canada.
Déléguée aux affaires internationales : Yassen Tcholakov
La déléguée aux affaires internationales de la FMEQ a comme première responsabilité d'assumer la présidence d'IFMSA-Québec, la division internationale de la Fédération. Elle représente aussi la FMEQ au sein d'IFMSA-Monde et tisse des liens avec les autres associations médicales étudiantes hors Canada.
Délégué aux services et partenaires : Mathieu Pelletier
Le délégué aux services et partenaires voit principalement à la gestion des commanditaires et des partenaires de la Fédération. Il vise aussi à offrir aux membres des services variés et pertinents, dont l'agenda et le Cahier des constantes de la FMEQ.
Délégué aux affaires internes : Yaël Bensoussan
Le délégué aux affaires internes est responsable d'assurer le lien entre la FMEQ, ses membres associatifs et ses membres individuels en veillant au plan de communications internes, à la publication des Info-FMEQ et à la gestion du site web.