La FMEQ est la fédération-mère regroupant les quatre associations d'étudiantes et d'étudiants en médecine du Québec. Chaque faculté offre un programme de doctorat en médecine favorisant des moyens pédagogiques propres à sa philosophie. En voici un bref apperçu :

Université Laval :
Les étudiants peuvent choisir de faire leurs études précliniques en deux ou trois ans. Ils planifient leurs cours à option en conséquence. Par la suite, ils complètent leur formation médicale avec des stages d'externat pour une durée de deux ans. Ainsi, ils complètent leurs études en quatre ou cinq ans. Suite à cela, ils obtiennent le titre MD. Par ailleurs, les étudiants de l'Université Laval ont l'opportunité de choisir un profil international qui leur permet d'aller faire un stage à l'étranger pendant un été tout en étant encadrés par des cours orientant leurs réflexsions et apprentissages. L'enseignement se fait majoritairement par cours magistraux, mais aussi par apprentissage par problème, par ateliers de discussion en grands et en petits groupes, par des modules d'auto-apprentissage, des laboratoires et des stages hospitaliers.

Université McGill :
Le programme de l'Université McGill comprend une année préparatoire pour les étudiants venant du Cégep, et quatre années de formation médicale avant l'obtention du MD. Lors de l'année préparatoire, l'étudiant fait partie de la Faculté des Arts et des Sciences. Il suivra divers cours de sciences (biologie, physiologie, chimie) et de sciences sociales. Pendant la première année et demie de médecine, les étudiants en médecine, conjointement avec les étudiants en dentisterie, suivent des cours de physiologie, de pathologie, de microbiologie, etc. sous la forme de cours magistraux, de laboratoire et d'apprentissage par problème. La seconde moitié de la deuxième année, se nommant Introduction to Clinical Medicine, est une introduction à l'examen physique, la chirurgie, la médecine familiale et la médecine interne. Les troisième et quatrième années d'externat de médecine comprennent les stages obligatoires et les stages à option menant à une formation clinique optimale. À McGill, l'enseignement est entièrement en anglais ce qui n'empêche pas cependant de remettre des travaux ou de faire les examens en français. De plus, beaucoup des patients dans les hôpitaux du Centre universitaire de santé McGill (CUSM) sont francophones, ce qui rend la maîtrise de la langue française un atout de première importance pour l'étudiant en médecine.

Université de Montréal :
Le programme de l'Université de Montréal comporte un total de quatre ou cinq années de scolarité. Les étudiants arrivant du Cégep ou ne possédant pas de baccalauréat relié à un domaine connexe à la médecine doivent commencer par une année préparatoire composée majoritairement de cours magistraux portant sur les sciences de bases. Par la suite, les étudiants possédant une formation connexe à la médecine se joignent au groupe pour les première et deuxième années précliniques. Sous forme d'apprentissage par problème, chaque système est étudié à tour de rôle. Par ailleurs, une fois par semaine, les étudiants se rendent dans les centres hospitaliers pour y intégrer une partie de leurs connaissances et appliquer la démarche clinique. Finalement, pour compléter leur diplôme MD, les étudiants consacrent les deux années cliniques suivantes à des stages.

Université de Sherbrooke :
Le programme M.D. de l'Université de Sherbrooke est d'une durée de 167 semaines, se déroule sur 4 ans et comprend 2 années et demie de formation préclinique et une année et demie de formation clinique (externat). Tout au long de leur programme d'étude, les étudiants sont appelés à réaliser certaines parties de leur formation clinique et préclinique à l'extérieur de votre site de formation principal. Le réseau d'institutions d'enseignement affilié à la Faculté de médecine de Sherbrooke permet aux étudiants de se familiariser avec divers types de pratique, ce qui constitue une expérience exceptionnelle.