Le volet des affaires politiques de la FMEQ s'assure de la représentation des étudiants en médecine du Québec notamment auprès des instances gouvernementales. Les délégués de la FMEQ suivent de près les développements sur la scène politique touchant directement ou indirectement les étudiants en médecine, que ce soit au niveau de leur formation ou de leur cadre de pratique futur. Dans cette optique, les dossiers relevant de la Santé et de l'Éducation présentent un intérêt particulier puisque la formation médicale se situe au confluent de ces deux grands champs priorisés par les gouvernements tant fédéraux que provinciaux.

Par sa présence au sein de différents comités et par le dépôt de documents devant diverses commissions parlementaires, la FMEQ contribue à garder présente l'importance d'une formation médicale de qualité chez les futurs médecins dans les débats qui animent les systèmes de la santé et de l'éducation.

Sous la rubrique documents publics se retrouvent divers mémoires présentés par la FMEQ ces dernières années, ainsi que des documents traitant de la formation médicale et des conditions l'entourant.
En 2007, un rapport sur l'appréciation du service de jumelage aux programmes de résidence (CaRMS) par les étudiants en médecine du Québec a été rédigé suite à un sondage national effectué auprès de la cohorte 2007.